חטוטרן מצוי הוא צמח חד-שנתי, נטוי עד זקוף, גובהו 80-30 ס"מ. הגבעולים מכוסים בדלילות בשערות קצרות, מעורקים, ענֵפים מעט. עלי הבסיס ערוכים כשושנת, בעלי פטוטרות, מוארכים וגדולים, 20-5 ס"מ, דמויי-כינור. עלי הגבעול קטנים, 6-2 ס"מ, יושבים, או בעלי פטוטרות קצרצרות, פשוטים, מוארכים-איזמלניים, ומשוננים מעט.
בראשי הגבעולים התפרחות הן מכבדים צפופי פרחים, ולאורך הגבעולים פרחים יחידים מסורגים, נישאים על עוקצים קצרים, המתארכים בעת הבשלת הפירות. עלי הכותרת דמויי-מרית, צבעם צהוב-לימוני ובמרכזם כתם חום-בהיר. עלי הגביע צהובים אף הם, מפושקים.
במבט כללי נראה חטוטרן מצוי כמצליבים רבים החיים בבית גידולו ובסמיכות לו, כולם בעלי תפרחות צהובות צפופות בראשי הגבעולים ופרחים בודדים לאורכם. עם אלה נמנים חרדל, בקבוקון, לפתית, איסטיס וכרוב ועיקר ההבדלה ביניהם נעשית על פי צורת הפרי, הייחודית לכל סוג. פרי החטוטרן הוא תרמילון מגובשש בצפיפות, שבראשו פיטמה. בליטות גבנוניות אלו שעל פני הפרי, ה"חטוטרות" – הן שהיקנו לסוג את שמו (שם הסוג המדעי – Ochthodium, מיוונית עתיקה - ochthodes – "מגובשש"). הפירות נישאים על עוקצים מעובים ואשונים והם בדרך כלל חובקים את הגבעול או ניצבים לו.
חטוטרן מצוי פורח בסוף החורף ובאביב. הוא נפוץ בשדות בור בצפון הארץ ומרכזה. תפוצתו העולמית משתרעת במזרח התיכון. לינאוס (Linnaeus) תיעד אותו והגדירו ממצרים במאה ה-18, מכאן שם המין המדעי (aegyptiacum), "מצרי", אולם המין לא נמצא שם מאז.
חטוטרן הוא סוג מונוטיפי, שבו חטוטרן מצוי הוא מין יחיד.
כתב דרור מלמד