פרופ' ליפשיץ עשתה את לימודיה והקריירה האקדמית שלה באוניברסיטת תל-אביב. היא הייתה תלמידתם של פרופ' יואב ויזל ופרופ' טובה ארזי עליהם השלום. היא החלה את דרכה כבוטנאית עם נטייה וכשרון לאנטומיה של צמחים. הייתה לה סבלנות אין-קץ וידיים טובות, תכונות חיוניות לכל העוסק באנטומיה של צמחים. קולו של המיקרוטום (המכשיר לחיתוך חתכים מיקרוסקופיים ברקמות) היה נשמע מחדר עבודתה ברציפות במשך שעות רבות.
עבודת המאסטר שלה, שהתפרסמה בשנת 1966, עסקה בנושא בוטני קלאסי: "התפתחות הפרידרם וריתמוס הפעילות השנתי של הפלוגן ברוביניה בת-שיטה". ובשפה פשוטה, כיצד נוצרת הקליפה של גזע העץ רוֹבִּינְיָיה שגדל בחצר האוניברסיטה. כבר אז החלה להשתמש בפחמן רדיואקטיבי לסימון שכבות התאים שנוצרו בכל עונה.
טכניקה זו שימשה אותה גם בעבודת הדוקטורט שבה הייתה צריכה להרחיק מת"א עד לעין-עבדת כדי לחקור את "השפעת גורמי הסביבה על צמיחת הרוחב בצפצפת הפרט. לאחר הדוקטורט שהתפרסם בשנת 1969,המשיכה בעבודה במחלקה לבוטניקה באוניברסיטת תל-אביב בשיתוף פעולה עם פרופ' יואב ויזל ובין השאר השתתפה בכתיבת ספרון הכיס "צמחי מים בישראל: צמחים טבולים וטבולים למחצה", שהתפרסם ב-1972 ושימש מטיילים רבים.
תחום התמחות מיוחד שהיה לה הוא תחום הדנדרוכלונולוגיה – התחום המדעי המשתמש בנתונים של טבעות צמיחה בעצים לשחזור התנאים הסביבתיים בהם גדלו. הכל מכירים את טבעות העצים שניתן לראות אותן בגזעים חתוכים או בלוחות מנוסרים. נילי, בדרך כלל השתמשה בגליל עץ זעיר בקוטר כמה מ"מ שמוציאים מעץ חי בעזרת מקדח מיוחד, מבלי להזיק לו. גלילים כאלה עברו עיבוד וליטוש ונילי היית המודדת את רוחב הטבעות שנִגְלוּ בהם ומנתחת את הממצאים לשחזור תנאי אקלים ששררו באזורנו בעבר הרחוק. היא השתמשה בממצאים ארכיאולוגיים מחפירות בנגב הצפוני בתל שבע ותל ערד לזיהוי הצומח ותנאי האקלים באזור בתקופת בית ראשון.
נושא זה הביא אותה לשינוי בעבודה המדעית והיא עברה למכון לארכיאולוגיה באוניברסיטה לעסוק בעיבוד ממצאים בוטניים מחפירות ארכיאולוגיות. היא הייתה הבוטנאית הראשונה בארץ שעסקה בתחום זה והקימה את המעבדה לארכיבוטניקה בה השתמשה בשיטות מתחום האנטומיה של הצמח לזיהוי הצמחים ששרידים שלהם שנתגלו ע"י חוקרים במחפירות ארכיאולוגיות. עבודתה האירה באור נוסף את הממצאים הארכיאולוגיים ואפשרה להבין את משמעותם טוב הרבה יותר. תולדות הצומח והייעור בארץ-ישראל היו תחומים נוספים שעסקה בהם.
מחקריה פורסמו בעשרות רבות של מאמרים בספרות המדעית העולמית והישראלית, ביותר מעשרה ספרים שפרסמה יחד עם פרופ' גדעון ביגר ואחרים בעברית ובאנגלית ודוחות מחקר רבים שסיכמו את הממצאים בחפירות ארכיאולוגיות.
בין הפרסומים שהשתתפה בהכנתם אפשר נזכיר כאלה שהיה להם עניין גם מעבר לתחום המקצועי המצומצם:
ביגר ג', שילר א', אילון א' לבנה מ' וליפשיץ נ' (1985) "כי האדם עץ השדה": עצי ארץ-ישראל: מאפייניהם, תולדותיהם ושימושם", אריאל כתב עת לידיעת ארץ-ישראל, 1985
ליפשיץ נ' וביגר ג' "עלייתו ונפילתו של אורן ירושלים כעץ ייעור ראשי בארץ-ישראל" הוצ' קק"ל 1994
ליפשיץ נ' וביגר ג' "נלבישך שלמת ירק: הייעור בארץ ישראל: מאה שנים ראשונות "1950-1850" הוצ' קק"ל 2000