העלים נגדיים, מפושקים, יושבים חסרי-פטוטרות, או שהפטוטרות קצרות, הטרפים ביצניים-מוארכים, צרים, שוליהם תמימים, לעתים גלוניים, צדם התחתון בהיר מן העליון. על פני הטרף פזורות בלוטות חיוורות-שקופות וכאשר העלה מואר מצידו האחד הן נדמות כנקבים - מכאן שם המין (גם השם המדעי, perforatum, מלטינית: "מחורר", "מנוקב"). בשולי הטרפים ובקצותיהם קיימות לעתים בלוטות שחורות. התפרחות צברים בני 15-3 פרחים בראשי הגבעולים. בבסיס התפרחות חפים דמויי-עלים צרים. הפרחים ניכרים, דו-מיניים. העטיף כפול, עשוי 5 עלי גביע ירוקים, איזמלניים, שגם על פניהם פזורות בלוטות מקווקוות בהירות ו-5 עלי כותרת צהובים-זהובים, ביצניים-מוארכים, א-סימטריים, קצותיהם משוננים ושוליהם מנוקדים בבלוטות שחורות. בפרח 90-40 אבקנים, אורכם כאורך עלי הכותרת, מאוחים בבסיסם ל-3 אגודות ושחלה עילית, ביצנית, עשויה 3 עלי שחלה, היוצרים 3 מגורות, ממנה עולים 3 עמודי עלי מפושקים, עבים מעט מזירי האבקנים, נושאים, כל אחד, צלקת נקודתית. הפרי הלקט רב-זרעי, ביצני-מחודד, תלת-מגורתי, נפתח לאורך המחיצות, על פניו פזורות בלוטות מקווקוות-אלכסוניות. הזרעים בצבע הברונזה, קטנים, גליליים, מגובששים.
פרע מנוקב פורח באביב ובתחילת הקיץ. בית גידולו מגוון ובעולם מוצאים אותו בשטחים פתוחים, גדות נחלים, קרקעות לחות, שטחים מופרים וצדי דרכים. בישראל הוא צמח נדיר, הנתון בסכנת הכחדה (מין "אדום"), הגדל בעמק החולה, בגולן ובחרמון ולאחרונה נמצא גם בגליל. תפוצתו העולמית באירופה, צפון אפריקה ומערב אסיה ומשם התפשט לאזורים רבים ואינו נמצא בסכנת הכחדה עולמית ובמדינות רבות הוא אפילו נחשב עשב רע ופולש אגרסיבי.
פרע מנוקב מייצר מטבוליטים משניים רבים, שלהם פעילות כימית ורפואית, החשובים שבהם הינם היפריצין (Hypericine, naphthodianthrone) והיפרפורין (Hyperforin, lipophilic phloroglucinol). כבר בימי קדם שמשו תכשירים שהוכנו מפרע מנוקב לטיפול במצבים רפואיים שונים, כדיכאון, חרדה, פצעים וכוויות. מחקרים מודרניים הראו פעילות בטיפול בסרטן, דלקות וזיהומים חידקיים וויראליים וכן פעילות נוגדת-חמצון, המסייעת לטיפול במחלות עצביות ומניעתן. חברות תרופות ברחבי העולם מייצרות מגוון רחב של תכשירים, הנצרכים על-ידי מיליוני בני-אדם ונמכרים במיליארדי דולרים, בעיקר כנוגדי-דיכאון, שלהם תופעות לוואי זניחות, כאשר הם ניטלים לבדם, אולם אנזימים המופרשים בקיבה, כתוצאה מנטילת תרופות מבוססות פרע מנוקב, עלולים לפרק תרופות אחרות הנצרכות במקביל ולהפריע לפעולתן. בשל חשיבותו הרפואית מגדלים צמחי פרע מנוקב בתרבות, לשם הפקת החומרים הפעילים שבהם בכמויות מסחריות. בבר, פרע מנוקב הינו עשב רעיל לבהמות המלחכות אותו ועלול לגרום להן לגירויי עור, שיתוק ואפילו מוות.
פרע מנוקב תואר בשנת 1753 ע"י הרופא, הבוטנאי והזואולוג השוודי לינאוס (Carl Linnaeus, 1707-1778), הנחשב לאבי הטקסונומיה המודרנית ואשר על פי צורת המיון שהציע כל אורגניזם מזוהה באופן דו-שמי, הכולל סוג ומין.
שמו המדעי של הסוג, Hypericum, מיוונית: hyper - "מעל", eikon - "דמות", "איקונין", ככל הנראה שימש הצמח לגירוש שדים ורוחות רעות, תוך הנחתו מעל לפסלים וציורים קדושים או פולחניים, בעיקר ב-24 ביוני - יום יוחנן הקדוש (ראה "הצמח במקורות").
בישראל נאסף פרע מנוקב לראשונה בשנת 1973 בצפון רמת הגולן, אך הגדרתו הודאית נעשתה בשנת 1985 ולפיכך אינו מופיע בפלורה פלסטינה ובמגדירי הצמחים. השם פרע הופיע לראשונה בשנת תרע"ג (1913) ב"רשימת הצמחים המצויים בארץ", שערך ישראל איתן, חבר ועד הלשון ומורה לידיעות הטבע בגימנסיה העברית בירושלים ואשר הופיעה בזכרונות ועד הלשון העברית. ככל הנראה מאזכר השם העברי את מראהו הכדורי הפרוע של אחד ממיני הפרע הנפוצים בישראל, פרע מסולסל.
בסוג פרע קרוב ל-460 מינים, בישראל נאספו 10 מינים.
כתב: דרור מלמד