סמר קרקפתי הוא צמח חד-שנתי קטן ונחבא אל הכלים, זקוף, גובהו 15-8-ס"מ. צבעו הכללי חום-אדמדם וקשה להבחין בו משום שצבעו מתמזג עם צבע הקרקע ונופו צנוע. גבעוליו נימיים, מבסיסם יוצאים עלים חוטיים, החרוצים לאורכם והקצרים מן הגבעולים.
התפרחת קרקפת צפופה וכדורית, בת 10-3 פרחים, הנישאת בראשי הגבעולים, קוטרה כ-1 ס"מ. התפרחת הקיצונית מלווה לעיתים בתפרחות צדיות, אחת או שתיים, הנישאות על עוקצים קצרים. מתחת לקרקפות יוצאים 3-2 חפים בלתי שווים, החפה החיצוני עולה באורכו על הקרקפת.
העטיף עשוי משישה עלים, הערוכים בשני דורים, החיצוניים שבהם דמויי איזמל, המסתיים בחוד דקיק, המתכהה עם ההבשלה והם בעלי קרין לאורכם. עלי העטיף הפנימיים קצרים יותר מהחיצוניים, ביצניים. צבע העטיף חום עד כתום-אדמדם עם שוליים ירקרקים. הפרחים מכילים בדרך-כלל 6 אבקנים וצלקת אחת והם מואבקי רוח. הפרי הלקט סגלגל האוצר בחובו זרעים זעירים מרובים, קהה בראשו ומסתיים בחוד קצרצר, קצר מהעטיף החיצוני.
סמר קרקפתי פורח באביב. הוא מופיע לרוב לאחר גשמים מרובים על קרקעות וחולות לחים, בשרון ובאזור הכנרת. תפוצתו העולמית משתרעת באסיה, אירופה וצפון אפריקה ומשם התפשט גם לצפון אמריקה.
שם הסוג המדעי,Juncus, פירושו בלטינית "קנה" והוא שימש בעת העתיקה לתיאור צמחי קנים שונים. שם המין המדעי, capitatus, "בעל ראש, בעל קרקפת", מתייחס לצורת התפרחת של מין זה. סמר קרקפתי מכונה באנגלית leafybract dwarf rush – "סמר ננסי בעל חפים דמויי עלה", בשל מידותיו הזעירות ומשום שהחפים הארוכים שבבסיס קרקפות התפרחת נדמים למסתכל כעלים.
בסוג סמר כ-350 מינים. בישראל נאספו 11 מינים, כמחציתם נדירים. רק שלשה מינים מתוכם הם חד-שנתיים: האחד - סמר ענף - נכחד בישראל; השני - סמר מצוי – נפוץ למדי בבתי גידול לחים במישור החוף; ואילו השלישי - סמר קרקפתי, המתואר כאן - הוא צמח נדיר המופיע מפעם לפעם ולא בכל שנה.
כתב דרור מלמד