לאחר זיהוי המינים יש לזהות את הגורמים המעמידים אותם בסכנה ולטפל בהם בכל מקרה לפי אופיו.
413 מיני צמחים מתוך כ 2400 מינים מקומיים בישראל, נמצאים בסכנת הכחדה - (17% מהמינים בארץ) רק 67 מהם מוגנים על פי חוק. 36 מהמינים המופיעים ברשימת הצמחים ה"אדומים" כבר נכחדו. כעת יש לדאוג לא רק לכך שהרשימה לא תגדל, אלא לכך שתצטמצם.
ישראל שוכנת באזור האקלימי הים תיכוני, הידוע בעושר מיני הצמחים הגדלים בו. עושר זה נובע מהתנאים האקלימיים והטופוגרפיים השונים כל כך בחבלי הארץ מהצפון ועד לדרום, ומכוון הים מזרחה ומשכנותנו למספר אזורים פיטוגיאוגרפיים גדולים. כדי להמחיש את העושר הגדול של מיני הצמחים הגדלים כאן, נזכיר שהאזורים הים תיכוניים מהווים רק 2.5 אחוז מכלל השטח בעולם. אולם באזורים אלה מצויים כ-16 אחוז מכלל מיני הצמחים. בישראל לבדה מצוי המספר הגדול ביותר של מינים לקמ"ר מאשר במדינות ים תיכוניות אחרות.
במחקר נרחב שנערך בהנחייתם פרופ' אבי שמידע וד"ר גדי פולק, ניתן "מספר אדום" המגדיר את המידה של סכנת ההכחדה בה נתונים מיני הצמחים בישראל. תוצאותיו של המחקר פורסמו ב"ספר האדום" שיצא לאור לאחרונה ע"י רשות הטבע והגנים. ספר זה מצטרף לשורה של ספרים דומים שפורסמו ע"י ארגוני שמירת טבע בעולם.
המידע בנושא זה מרוכז באתר http://www.iucnredlist.org
מידת הסכנה בה נמצא כל צמח הוערכה לפי מספר קריטריונים. חלקם נוגעים לגודל האוכלוסיות – מספר הפרטים שנמצאו בשטח, חלקם נוגעים למספר האוכלוסיות – מספר האתרים בהם נמצא הצמח וחלקם נוגעים לבתי הגידול בהם נמצא הצמח, גודלם ומידת הסכנה הצפויה להם כתוצאה מפעולות פיתוח. יש מינים שיותר משחשוב לדאוג לשימורם כפרטים חשוב לשמר את בית הגידול שלהם, רק כך ניתן להבטיח את המשך קיומם.
בישראל המצב דומה למתרחש בעולם בו מינים רבים נכחדים כתוצאה מהשפעתם של גורמים הפוגעים בבתי הגידול כמו, פגיעה בשטחים פתוחים לטובת בנייה, פריצת דרכים ועיבוד קרקע, יבוש גופי מים, רעיית בעלי חיים והשפעתם של מינים פולשים. כתוצאה מכל אלה מספר מיני צמחים הגיעו למצב של הכחדה ואחרים הפכו לנדירים.
רשימת הצמחים בסכנת הכחדה הנמצאים באתר צמח השדה ערוכה לפי הרשימה בספר האדום של שמידע ופולק.